Otrzymanie niekorzystnej decyzji organu podatkowego nie oznacza, że sprawa jest ostatecznie zakończona. Polski system prawa podatkowego przewiduje środki zaskarżenia, które umożliwiają podatnikowi zakwestionowanie rozstrzygnięcia wydanego przez organ pierwszej instancji. Podstawowym instrumentem ochrony praw podatnika jest odwołanie od decyzji podatkowej, którego zasady zostały uregulowane przede wszystkim w ustawie z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa. Znajomość procedury odwoławczej ma istotne znaczenie, ponieważ prawidłowo sporządzone odwołanie może doprowadzić do uchylenia lub zmiany niekorzystnej decyzji jeszcze na etapie postępowania administracyjnego, bez konieczności kierowania sprawy do sądu administracyjnego.
Zgodnie z art. 220 § 1 Ordynacji podatkowej od decyzji wydanej przez organ podatkowy w pierwszej instancji służy odwołanie do organu podatkowego wyższego stopnia, o ile przepisy szczególne nie stanowią inaczej. Jest to realizacja konstytucyjnej zasady dwuinstancyjności postępowania administracyjnego, która gwarantuje stronie możliwość ponownego rozpoznania sprawy przez inny organ.
Odwołanie wnosi się za pośrednictwem organu, który wydał decyzję, w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji (art. 223 § 2 Ordynacji podatkowej). Niedochowanie tego terminu co do zasady skutkuje utratą prawa do wniesienia odwołania, chyba że zachodzą przesłanki do przywrócenia terminu określone w art. 162 Ordynacji podatkowej.
Przepisy Ordynacji podatkowej nie nakładają na stronę nadmiernie sformalizowanych wymogów. Zgodnie z art. 222 Ordynacji podatkowej odwołanie powinno zawierać zarzuty przeciwko decyzji, określać istotę i zakres żądania będącego przedmiotem odwołania oraz wskazywać dowody uzasadniające to żądanie.
W praktyce oznacza to, że podatnik powinien przede wszystkim wyjaśnić, dlaczego uważa decyzję za niezgodną z prawem lub nieprawidłową. Argumentacja może dotyczyć zarówno naruszenia przepisów prawa materialnego, jak i procesowego. Często zdarza się, że organ podatkowy nie przeprowadził wszystkich niezbędnych dowodów, błędnie ocenił zgromadzony materiał dowodowy lub niewłaściwie zastosował przepisy podatkowe. W takich przypadkach warto szczegółowo wskazać konkretne uchybienia oraz poprzeć swoje stanowisko dokumentami lub innymi dowodami.