Kontrola działalności gospodarczej powinna być prowadzona z poszanowaniem zasad określonych w ustawie Prawo przedsiębiorców. Organ kontroli jest zobowiązany nie tylko do działania w granicach swoich kompetencji, ale również do przestrzegania przepisów regulujących sposób wszczęcia i prowadzenia kontroli. Jeżeli obowiązki te zostaną naruszone, przedsiębiorca może skorzystać z jednego z najważniejszych środków ochrony swoich praw sprzeciwu wobec podjęcia i wykonywania czynności kontrolnych, o którym mowa w art. 59 Prawa przedsiębiorców.
Sprzeciw nie służy podważaniu ustaleń dokonanych przez organ ani kwestionowaniu wyników kontroli. Jego celem jest wyeliminowanie sytuacji, w której sama kontrola prowadzona jest z naruszeniem przepisów. Jest to więc środek o charakterze proceduralnym, który ma zapewnić przestrzeganie ustawowych gwarancji przysługujących przedsiębiorcy.
Nie w każdej sytuacji przedsiębiorca może jednak wnieść sprzeciw. Art. 59 Prawa przedsiębiorców wyraźnie wskazuje, że przysługuje on wyłącznie w przypadku naruszenia określonych przepisów ustawy. Dotyczy to przede wszystkim nieprawidłowego wszczęcia kontroli, naruszenia zasad podejmowania czynności kontrolnych, prowadzenia kontroli pod nieobecność przedsiębiorcy lub osoby przez niego upoważnionej, przeprowadzania czynności w miejscu innym niż przewidują przepisy, przekroczenia dopuszczalnego czasu trwania kontroli, prowadzenia kontroli z naruszeniem ustawowych ograniczeń dotyczących liczby kontroli oraz ponownego przeprowadzenia kontroli bez spełnienia ustawowych przesłanek. Oznacza to, że sprzeciw nie może opierać się na każdym uchybieniu organu, lecz wyłącznie na naruszeniach wskazanych w art. 59 ust. 1 ustawy.
Sprzeciw wnosi się na piśmie do organu prowadzącego kontrolę, a jednocześnie przedsiębiorca ma obowiązek zawiadomić o jego wniesieniu kontrolującego. Pismo powinno zawierać uzasadnienie, w którym należy wskazać, jakie przepisy zostały naruszone oraz na czym polegało naruszenie. Samo stwierdzenie, że kontrola jest prowadzona nieprawidłowo, nie będzie wystarczające.
Ustawodawca przewidział bardzo krótki termin na wniesienie sprzeciwu. Wynosi on 3 dni robocze od dnia wszczęcia kontroli albo od dnia wystąpienia okoliczności uzasadniającej jego wniesienie. W praktyce oznacza to, że przedsiębiorca powinien już od początku kontroli zwracać uwagę na sposób prowadzenia czynności, ponieważ przekroczenie tego terminu co do zasady pozbawia go możliwości skorzystania z tego środka ochrony.
Najistotniejszym skutkiem wniesienia sprzeciwu jest wstrzymanie czynności kontrolnych z chwilą doręczenia kontrolującemu zawiadomienia o jego wniesieniu. Jednocześnie zawieszeniu ulega bieg czasu trwania kontroli, dzięki czemu okres rozpoznawania sprzeciwu nie jest wliczany do ustawowego limitu czasu kontroli. Wyjątek stanowią sytuacje wskazane w ustawie, w których ze względu na charakter kontroli lub konieczność ochrony ważnego interesu publicznego wniesienie sprzeciwu nie powoduje wstrzymania czynności.
Na czas rozpoznania sprzeciwu organ może jednak zabezpieczyć dowody mające znaczenie dla kontroli, w szczególności dokumenty, informacje, próbki wyrobów lub inne nośniki informacji. Ma to zapobiec utracie materiału dowodowego jeszcze przed rozstrzygnięciem sprawy.
Organ kontroli ma obowiązek rozpoznać sprzeciw w terminie 3 dni roboczych od dnia jego otrzymania. Po jego rozpatrzeniu wydaje postanowienie o odstąpieniu od czynności kontrolnych albo o ich kontynuowaniu. Jeżeli organ nie rozpozna sprzeciwu w ustawowym terminie, ustawodawca przyjął rozwiązanie korzystne dla przedsiębiorcy brak rozstrzygnięcia wywołuje taki sam skutek, jak wydanie postanowienia o odstąpieniu od czynności kontrolnych.
Jeżeli organ wyda postanowienie o kontynuowaniu kontroli, przedsiębiorca może wnieść zażalenie w terminie 3 dni od dnia jego doręczenia. Organ wyższego stopnia powinien rozpoznać je w ciągu 7 dni. Również w tym przypadku brak rozstrzygnięcia w terminie działa na korzyść przedsiębiorcy i oznacza konieczność odstąpienia od dalszych czynności kontrolnych.
Sprzeciw wobec czynności kontrolnych jest jednym z najdalej idących środków ochrony przewidzianych w Prawie przedsiębiorców. Nie tylko umożliwia czasowe wstrzymanie kontroli prowadzonej z naruszeniem przepisów, ale również dyscyplinuje organy administracji do przestrzegania ustawowych standardów prowadzenia czynności kontrolnych. Z uwagi na krótki termin na jego wniesienie oraz konieczność właściwego uzasadnienia, przedsiębiorca powinien każdorazowo przeanalizować legalność podejmowanych wobec niego działań już od momentu wszczęcia kontroli.